Cell｜颠覆，肠道微生物与自闭症无因果关系，自闭症患者的肠道菌群差异，只是因饮食偏好！

早期有一些研究表明，像其他疾病一样，「肠道菌群」可能对自闭症发病机制有所贡献。这是因为观察到某些类型的肠道微生物在自闭症患者中出现差异。

然而，2021年11月，同样发表于Cell期刊的题为“Autism-related dietary preferences mediate autism gut microbiome associations”的文章对已有的孤独症与肠道菌群研究提出质疑，引起广泛讨论。作为一项大型的ASD患者粪便宏基因组研究，作者整合了其他表型/临床数据，希望寻找各种因素与ASD症状的关联。作者最后指出，ASD患者肠道菌群的差异可能反映了与诊断特征相关的饮食偏好。

在这项研究中，研究人员分析了247名2至17岁儿童的粪便样本。这些样本来自99名确诊的自闭症儿童、51名自闭症儿童的正常兄弟姐妹，以及97名与自闭症无关的正常儿童。

通过宏基因组测序分析了这些粪便样本，并且这个研究还考虑了饮食、年龄与性别差异，因为肠道菌群受环境影响很大，因此研究人员设计了两个对照组，分别是自闭症儿童患者的正常兄弟姐妹，以及与自闭症无关的正常儿童。

1、与年龄、粪便和饮食特征相比，ASD的诊断与肠道菌群关联较弱

作者使用Microba Community Profiler v2.0.2参考Microba Genome Database (MGDB) v2.0.0获得物种概况，使用Microba Gene and Pathway Profiler (MGPP) v0.1.0获得基因和通路丰度定量工具，在其他特征作为协变量进行模型调整后，评估了ASD诊断中与菌群相关的表型。与年龄、粪便粘稠度和饮食特征相比，ASD的诊断与肠道菌群物种和基因水平上的关联较弱。

2、差异分类菌群：Romboutsia timonensis

作者使用了ANCOM v2.1 对count数据进行加对数比转换（additive-log-ratio transformation）(offset = 1)，用于寻找差异分类群。比较ASD与SIB、UNR组(协变量:年龄、性别和饮食PC1-3)，发现 Romboutsia timonensis 在常规检测阈值（ 0.7）显示出ASD组的丰度显著降低。值得注意的是，结果并未复现已有报道的普氏菌属、厚壁菌门、梭菌群和双歧杆菌属等与ASD的关联，作者认为可能与采样偏差、测序技术和分析方式不同有关。整体的功能分析中未发现显著关联。

最后作者进一步鉴定了R. timonensis 中与ASD相关的特定基因和通路，发现6个存在显著差异的基因，功能涉及氨基酸的代谢（L-谷氨酰胺，L-赖氨酸，L-甲硫氨酸和L-苏氨酸），嘌呤和嘧啶代谢，碳水化合物代谢，以及细菌孢子萌发和dsDNA分解。

3. 饮食多样性介导ASD与肠道菌群的关联

为探究饮食对ASD的影响，研究者对三组儿童进行饮食检测和胃肠道症状评估，并将其与粪便肠道菌群进行关联分析，结果发现，ASD组饮食多样性明显低于SIB和UNR组，胃肠道严重程度与儿童的饮食多样性呈负相关关系，即儿童饮食多样性越差，胃肠道症状严重程度越高。（编者说，我们一直以来强调从饮食结构调整入手增加食物的多样性，尤其是产丁酸盐的纤维素食物多多益善。而绿色蔬菜通常是被儿童摄入最少的，有些儿童甚至不吃任何叶菜）。饮食多样性与肠道菌群多样性存在明显的正相关关系。结果回归分析结果发现，饮食与年龄、性别、粪便均一性等互为预测因子。

4.行为和偏好位于饮食和菌群多样性减少的上游

为了研究孤独症诊断中的行为因子是否是偏食挑食、饮食多样性和菌群多样性下降的上游，研究者利用来自孤独症、注意力缺陷多动障碍和抽动障碍（以下称为 ASD-ADHD-TS）的交叉特征分析的汇总统计数据来生成多基因评分 (PGS)，用于限制和重复行为的评估。

结果发现，ASD-ADHD-TS的PGS与饮食多样性降低之间存在边际关联，但与菌群多样性无关；此外，将这些结果与ADOS（ASD诊断评分）进行比较发现，PGS评分与社交影响评分显著相关，说明社交影响与饮食多样性存在显著关联。相比之下，研究者没有发现饮食偏好和菌群多样性与ASD相关特征（如焦虑等）之间存在联系。

总的来说，作者认为ASD相关的行为和偏好导致饮食多样性减少，从而介导了ASD与肠道菌群的关系。与菌群多样性相比，所有心理评分指标都与饮食多样性具有更显著的相关性。同时作者又指出：不排除下游的菌群效应也可以反馈和影响行为的可能性。

Cell｜颠覆，肠道微生物与自闭症无因果关系，自闭症患者的肠道菌群差异，只是因饮食偏好！